Los „Stokrotki“, młodej dziewczyny, która z czasem staje się doświadczoną łączniczką AK, splata się z dramatem walczącej Warszawy. Wśród ruin, śmierci i nieustannego strachu rodzi się uczucie – kruche, niepewne, każdego dnia wystawione na próbę.

Podczas Powstania Warszawskiego oddział kapitana „Stefana“ przedziera się kanałami ze Starego Miasta. W mroku, ciasnocie i śmiertelnym zagrożeniu każdy krok może być tym ostatnim. Dowódca wie, że od jego decyzji zależy życie żołnierzy i kobiety, którą kocha. Powstanie to nie tylko walka o miasto, ale też o człowieczeństwo, nadzieję i miłość. Gdy wszystko się rozpada, bohaterowie muszą podejmować decyzje, które zmienią ich na zawsze.

„Mój kapitan“ to poruszająca opowieść o odwadze, stracie, sile przetrwania i o tym, że nawet w najciemniejszych chwilach można odnaleźć sens życia.